נושא - מקרקעין, דירות מגורים

שלום, במקרה של מכירת דירת מגורים ע"י עוסק שזהו עסקו, אשמח להבין בגין איזה סכום משולם מ"ה ובגין איזה סכום משולם מע"מ. ידוע לי שמע"מ משולם על ההפרש שבין מחיר המכירה למחיר הרכישה (הריאלי). כעת, על איזה סכום משולם מ"ה? הרי שאם הוא משולם על אותו ההפרש שבין מחיר המכירה למחיר הרכישה, גם אם בניכוי הוצאות מותרות, נוצר כפל מס. יש פה שני סוגי מס על אותו הפרש. תודה